사일런트 힐의 실체가 밝혀진다! 사이렌이 울리는 순간, 운명과 비밀에 맞서 싸워라! 헤더는 항상 무언가로부터 쫓기는 꿈을 꾼다. 그리고 무언가를 숨기는 듯한 아빠까지 그녀를 불안하게 한다. 18살 생일날, 헤더는 아버지가 사라지는 악몽에 시달린다. 새로운 학교로 가는 그녀는 한 남자로부터 위험에 빠질 것이라는 소리를 듣는다. 그리고 전학간 첫날부터 주변이 다른 공간으로 바뀌며 이상한 환영에 사로잡히게 된다. 학교에서 만난 빈센트는 그녀에게 호의를 보이고 집에 데려다 준다. 하지만, 자신의 꿈 속처럼 아빠는 사라지고 헤더는 붉은 피로 벽에 씌여진 ‘사일런트 힐로 돌아오라’는 메시지를 받는다. 헤더는 사라진 아빠를 찾기 위해 빈센트와 함께 사일런트 힐로 향하는데…