70년전 이탈리아의 폰티나 마을에 성모가 나타나 금세기 말 초에 동정녀에게서 하나님의 아들이 재탄생되는 기적을 고지한다. 약속된 기적이 실현될 때가 오자 바티칸 교황청은 기적 조사 책임 신부로 로제티 신부（Father Rosetti） 팩스톤（화이트헤드 분）을 임명한다. 15살 마가렛（Margaret Gallagher: 시드니 페니 분）이란 소녀의 처녀 수태의 진부를 조사하기 위해 미국 펜실바니아주의 부리스 케인 폴 마을에 간 신부는 괴한의 습격을 받아 기억상실증에 걸리게 된다. 교황청에서 젊은 저스틴 신부를 기적조사자로 다시 임명하고 하나님 아들뿐만 아니라 악의 아들도 동시에 태어나게 예정되어 있었음을 공개한다. 또 다른 15살의 소녀 케서린（Kathleen Beavier: 크리스틴 다티로-헤이워드 분)은 보스톤에 살고 있는데 그녀의 처녀 수태도 조사되어 하나님의 아들이 누구에게서 태어나는지를 밝히는 임무를 비밀리 수행하게 된다. 도미니카 수녀원의 앤 수녀（Sister Anne: 셀라 워드 분）도 기적조사에 참가하게 되고 조사가 진행됨에 따라 케서린의 아기가 신의 아들임이 드러나자 악의 사자, 저스틴 신부는 사실을 은폐 조작해 교황청에 보고하고 케서린을 죽이려 한다. 이때 기억 상실을 가장했던 로제티 신부가 나타나 저스틴 신부는 하느님의 저주로 죽게 되고 신의 딸을 구한다. 한편 저스틴 신부의 악령에 물든 앤 수녀는 악의 아들을 잉태한 마가렛을 납치한다 납치된 구급차에서 아기는 태어나고 이 사실을 안 로제티 시부가 추격 중 차 사고가 일어난다. 앤이 타고 있던 차에 불이나고 아기는 사라진다.