악당의 손아귀에서 무법천지가 된 도시! 세상을 구하러 최강 돌연변이 닌자터틀이 나타났다! 악당 슈레더와 그의 조직 ‘풋 클랜’이 장악해버린 후 범죄와 폭력이 난무하는 뉴욕시. 열혈 방송기자 에이프릴은 카메라맨 번과 함께 그들의 음모를 파헤치기 위해 나서고, 슈레더와 손 잡은 사업가 에릭 삭스의 정체가 점점 드러나게 된다. 한편, 하수구에 살던 ‘닌자터틀’ 레오나르도, 도나텔로, 라파엘, 미켈란젤로는 암흑으로 변해가는 도시를 구하기 위해 거리로 나오게 되는데....