바다 괴물의 출현으로 남쪽 바다가 공포의 대상이 된다. 파리국립박물관의 아로낙스 교수는 샌프란시스코에서 사이공을 가려고 하는데 출항이 벌써 한 달 이상이 지연되었다. 그러던 중, 남해를 돌아 사이공을 가겠으니 같이 가 달라는 미국 정부의 요청이 들어온다. 괴물에 관심이 있었던 아로낙스는 흔쾌히 승낙하며 배에 올라탄다. 한참간의 지루한 항해와 가짜 괴물 경고등에 맥이 빠져 석 달 반만에 탐사를 포기하겠다고 함장이 말을 한 그 날 괴물은 모습을 드러낸다. 고래잡이로 작살 잡는 덴 최고인 네드는 작살을 던지지만 작살은 튕겨져 나오고 보트를 탄 네드와 배에서 튕겨져 나간 아로낙스와 조수 콩세유만이 그 배의 생존자가 된다. 몇 시간동안 바다에 떠 있다가 발견한 쇳덩어리, 그들이 그렇게 찾아 헤매었던 바다 괴물이었다. 알고 보니 생물이 아니라 그 누구도 아직까지 성공해내지 못한 물 속을 다니는 잠수함이었던 것이다. 하지만 그 배를 만든 네모 선장은 인류를 불신하는, 개인적인 아픔이 있는 이상한 사람. 아로낙스에게 호감을 갖고 그를 통해 자신의 지식을 세상에 차츰 알려야겠다는 생각을 하지만 그런 그의 뜻을 알지 못하는 네드와 콩세유의 방해공작으로 네모 선장의 본부인 벌케니아에 도착했을 때, 군함들의 공격을 받는다