어린 시절 일본에서 열리는 경제 회담에 참석하기 위해 부모님을 따라 비행기에 탄 제이슨, 레나, 조엘, 쌍둥이 키스, 데릭 등은 테러범들이 저지른 비행기 폭파 사고에서 살아남아 비밀리에 CIA 부속 비밀 요원 '엘리트'로 활동하게 된다. 이들의 임무는 적의 신분과 위치 등을 알아내는 현장 조사. 하지만 이들의 작전은 종종 적의 생포가 아니라 사망하게 하는 지경에 이르고 그로 인해 이들을 관리하는 맥케이 장군은 곤역을 치룬다. 그러던 어느날 군부대에서 치명적인 화학무기를 도난당하는 사건이 발생하고, 이들 5명의 요원들이 그 테러범들의 정체를 밝히라는 임무를 하달받는다. 힘겨운 수사끝에 이들은 그 테러범이 바로 자신들의 부모님이 몰살당한 비행기를 폭파한 테러범이고, 이번엔 아테네에서 열리는 대규모 컴퓨터 전시회인 컴덱스 현장을 파괴할 계획임을 알게 된다. 테러범의 대장인 에비는 플릿커맨드라는 해전을 다룬 게임기를 개발해 직접 함선을 몰고 아테네에 입성하려는 계획을 세운 게임 개발가 테너가 대여한 함선을 납치해 작전을 꾸미고, 그 사실을 알아낸 대원들은 몰래 함선에 침투한다. 하지만 그 함선의 승무원으로 탑승했던 해군들은 전부 놈들에게 붙잡혀 감옥에 갇혀있고, 제이슨과 데릭, 키스가 생포되지만 레나는 해군들을 구출해 함선에서 대규모 싸움이 벌어진다.