미국의 한적한 중소도시, 대학의 생태학 연구실에서 유전자가 변형된 박쥐 떼가 탈출하는 사고가 발생한다. 가축을 괴롭히는 곤충을 박멸할 목적으로 사육된 박쥐들은 뜻하지 않는 사고로 치명적인 위험으로 변하게 된다. 언제 박쥐들이 나타나 해를 입힐 지 알 수 없는 상황에서 공포는 점점 커져 가고 존 박사와 형사 앨리가 이들을 막기 위해 투입된다. 마을을 구하기 위해 백방으로 노력하는 존과 앨리는 사건의 배후에 누군가 있다는 것을 감지한다.