‘피카츄 탐험대’. 어느 화창한 오후 지우와 피카츄 일행은 언덕에서 낮잠을 즐긴다. 그때 갑자기 토케피가 사라지게 되고 피카츄를 비롯한 모든 포켓몬들은 토케피를 찾아나서게 된다. 피카츄와 포켓몬 일행은 토케피를 찾던 중 우연히 신비한 나무와 포켓몬들이 살고 있는 포켓몬 계곡에 들어가게 되는데.
  ‘루기아의 탄생’. 신기한 포켓몬을 수집하는 라단 박사는 환상의 포켓몬 루기아를 수집하기 위해 그를 불러내는데 필요한 불의 신 파이어, 번개의 신 썬더 그리고 얼음의 신 프리져를 잠에서 깨운다. 한편 오렌지 제도를 여행하던 지우와 포켓몬 일행은 갑자기 불어닥친 폭풍우 때문에 오렌지 제도의 맨 끝에 있는 아시아 섬에 도착하게 된다. 그곳에서 플루라라는 소녀에게 섬에서 옛날부터 내려오는 전설을 듣게 된다. 우연히 썬더와 함께 지킬드 박사에게 끌려간 지우와 포켓몬 일행은박사에게 잡혀있는 파이어와 썬더를 구하려고 하다가 결국 잠에서 깨어난 환상의 포켓몬 루기아를 만나게 된다. 루기아에게 파이어, 썬더, 프리져를 다시 원래의 상태로 돌려 놓지 않으면 세상이 멸망한다는 말을 듣게 된 지우와 포켓몬 일행은 모험을 시작하게 되는데.