일본의 어느 해안, 갓난아기가 실린 바구니가 떠내려온다. 이를 발견한 타카구레 도장의 사부(오순택 분)는 이 아기가 전설로 전해내려 오는 '위대한 백인 닌자'일 것이라고 확신한다. 그리고 아기의 이름을 하루(Haru: 크리스 팔리 분)라고 지어준다. 그러나 세월이 흘러 아기가 자라면서 이 기대는 완전히 무너진다. 하루는 타카구레 도장의 문제아이자 한 마디로 닌자로서 자격 미달이었던 것. 어느 날, 하루를 제외한 닌자들이 훈련을 나간 사이 미모의 백인 여자, 엘리슨(니꼴라스 세리단 분)이 닌자의 도움을 청하러 도장에 찾아온다. 이때 하루는 스스로 닌자임을 자청하고 그녀를 도우러 나선다. 그러나 엘리슨을 도우려던 하루는 엉겁결에 살인 누명을 쓰게 되고, 그녀의 뒤를 쫓아 비버리 힐스로 향한다. 하루를 떠나 보내면서 사부는 최고의 닌자 고베이(로빈 슈 분)에게 하루가 눈치채지 못하도록 뒤에서 그를 도울 것을 명하는데...