미 해병 여단장 프란시스 하멜 장군(에드 해리스)은 미국 정부를 상대로 '극비 군사 작전'을 수행하다 전사한 장병의 가족에게 전쟁 퇴역 군인과 동일한 조건의 보상을 해줄 것을 호소한다. 그러나 미국 정부는 이것을 무시했고, 하멜 장군은 정의의 회복이라는 명분하에 과거 악명 높았던 알카트라즈섬을 장악하고 이 섬을 찾아온 관광객 81명을 잡고 몸값을 요구한다. 정부가 이를 들어주지 않을 경우 살상용 화학가스가 장착된 미사일을 샌프란시스코에 발사하겠다고 협박한다. 이 사건을 해결하기 위해서 생화학 무기 전문가인 스탠리 굿스피드 박사(니콜라스 케이지)와 알카트라즈에서 유일한 탈옥자인 존 메이슨(숀 코넬리)이 발탁된다. 존 메이슨은 이 작전을 성공적으로 수행하면 자유를 얻을 것을 약속받고 특수 대원들, 스탠리와 섬에 성공적으로 침투하지만 하멜장군의 군사들과의 격돌 끝에 존과 스탠리만 살아남는데...