독일의 작은 산악마을 에쉬버그. 엘리아스(Elias Alder: 안드레 아이저만 분)는 태어나는 순간 자연의 소리를 듣고 느낄 수 있는 영묘한 재능을 타고 난다. 자라면서 음악과 오르간 연주 이외에는 아무 것에도 관심을 갖지 않는 그를 마을 사람들은 이상하게 여기지만 엘리아스와 같은 또래인 피터(Peter: 벤 베커 분)는 엘리아스에게 각별한 관심을 갖는다. 엘리아스의 유일한 즐거움은 피터와 함께 성당으로 몰래 들어가 몰래 오르간을 연주하는 것이다. 엘리아스는 한 번도 오르간 연주법이나 악보 보는 법을 배운 적이 없었다. 음악 선생님인 오스카(Oskar: 파울루스 만커 분)는 엘리아스의 뛰어난 재능을 질투하여 그에게 무자비하게 채찍질을 가한다. 그러던 중, 엘리아스가 성당의 낡은 오르간을 복구하여 첫 연주를 시도하던 날, 음악 선생님은 엘리아스의 천재적 재능에 비해 자신의 연주가 얼마나 초라한가를 깨닫고는 목을 매어 자살해 버린다. 엘리아스는 이제 죽은 음악 선생님을 대신하여 교회의 오르간 연주자가 되는데...