플로레스탄은 부패한 교도소장 피차로에 의해 수년간 부당하게 세비야의 감옥의 지하 감방에 갇혀 있다. 플로레스탄의 아내 레오노레는 '피델리오'라는 가명을 쓰고 남장을 한 채 간수장 로코의 보조 간수로 일하며 남편을 구할 기회를 엿본다. 그러던 중 법무대신이 교도소 시찰을 나와 수감자 일부를 풀어준다고 하자, 교도소장은 플로레스탄을 살해하려 하고, '피델리오'는 기회를 틈타 남편의 구출 계획을 실행에 옮긴다.