그녀는 파괴의 신인가? 인류를 구원할 구세주인가? 웨스턴 블록과 이스턴 블록으로 나뉘어 대치 중인 근 미래의 지구. 웨스턴 블록과 이스턴 블록 사이에 위치한 군사경계 지역에는 여러 밀수조직이 불법적으로 인신매매, 장기매매, 밀입국 등을 하고 있다. 이런 암적 비지니스를 소탕하기 위해 웨스턴 블록에서 특수훈련을 받은 사이보그 요원인 ‘밀렌’이 파견된다. 그녀의 코드네임은 009-1. 암적인 밀수조직을 소탕한 009-1에게 웨스턴 블록의 핵심 과학자인 닥터 클레인을 구출하라는 임무가 주어진다. 인질을 구출하기 위해 현장으로 파견된 그녀는 자신보다 더 뛰어난 힘을 가진 사이보그에게 공격을 받게 되는데…