생물학자 찰스 다윈의 종교에 대한 믿음은 사랑하는 딸 애니가 열 살의 나이로 세상을 떠나자 크게 변하게 된다. 다윈의 부인 엠마는 기독교 신앙이 매우 깊었고 그걸 알고 있는 그도 아내와의 갈등을 원하지 않는다.1850년대 중반부터 진화론을 알리기 위하여 과감하게 자신의 생각을 담은 책의 집필을 구상하기 시작한다. 하지만 딸의 죽음으로 엠마는 신앙에 더욱 의지하고, 다윈은 자신의 이론과 맞지 않는 신을 더욱 멀리하게 된다. 그렇게 오랜 시간 끝에 진화론 책을 완성하지만 엠마의 종교적 신념으로 인한 반대로 다윈은 깊은 고뇌에 빠지게 되는데..."인류사를 바꾼 위대한 과학" 찰스 다윈의 이야기가 시작된다