엘도라도를 찾아서 페루에 도착한 잭 와일더는 친구가 광산에서 비극적 죽음을 당한후 친구 엄마로부터 잉카제국 멸망시 스페인군 정복자 피사로와 동행했던 수도사의 비밀일기를 받게된다. 그 일기장에는 잉카제국 멸망시 숨겨놓은 황금에 대한 정보와 황금이 있는 태양신전으로 가는 길이 적혀있었다. 고미술상 카를로스의 도움으로 태양신전으로 향하는 비밀동굴의 문을 열수있는 기호를 알게된다. 그러나, 카를로스는 일기와 동굴암호 모두를 몰래 팔려다가, 바이어의 용병에이전트인 그리섬대령에게 살해를 당하고, 동글입구에서 잭마저 살해하려 하나 가까스로 탈출에 성공한다. 그리고 옛 여자친구이며 페루정부의 문화재관리국 요원인 마리아와 친구 고든의 도움으로 태양신전을 찾아 나서지만 그리솜대령과 부패한 페루특공대의 집요한 추격을 당한다 그리고 마침내 안데스산맥에서 황금신전을 찾기 위한 목숨을 건 추격전이 시작된다.