하늘과 땅 사이, 비밀의 문이 열린다! 인간세계를 위협하는 거인의 습격을 막아라! ‘클로이스트’의 시골 농장에서 삼촌과 함께 살고 있는 잭(니콜라스 홀트)은 시장에 말을 팔러 갔다가 돈 대신 콩 몇 알을 얻게 된다. 그날 밤 잭의 집으로 세찬 비바람을 피해 낯선 손님 이자벨(엘리너 톰린슨)이 찾아온다. 그리고 우연히 잭이 낮에 얻어온 콩이 물에 젖어 하늘로 뻗어 오르면서, 공주 이자벨은 엄청나게 자라는 마법의 콩나무에 휩쓸려 하늘과 땅 사이에 존재하는 무시무시한 거인들의 세상 ‘간투아’로 사라지게 된다. 이 사건을 계기로 인간들의 세계와 무시무시한 거인들의 세계가 연결되고, 오래 전 추방당했던 거인들은 그들이 잃었던 땅을 되찾기 위해 봉기한다. 그리고 잭은 이자벨을 구하고 인간세계를 정복하려는 거인들에 맞서는 거대한 전쟁에 합류하게 되는데...