영국 선원인 블랙쓴은 폭풍우로 조난을 당해 일본의 한 바닷가 지방에 표류하게 되고, 도라나가 장군 아래서 자신을 의탁하며 생활하게 된다. 일본은 갈색복장의 도라나가와 회색복장의 이시도의 두 진영으로 갈라져 있다. 블랙쓴은 위기에 처한 도라나가 장군을 그만의 재기로 구해주고 쇼군이 되어가는 길을 배운다. 블랙쓴은 통역을 해주던 여인 마리코와 사랑에 빠진다. 일본인 마리코는 카톨릭신자이면서 유부녀이다. 일본은 결혼한 여자가 다른 남자와 있다가 들키면 남편이나, 시동생, 시아버지가 죽여도 좋다는 게 법인 나라이다. 이런 일본문화로 인해 블랙쓴은 마리코와의 비극적인 사랑을 하게 된다. 도라나가 장군 아래에서 블랙쓴은 갖가지 사무라이 세계의 일들을 경험하면서 한 사람의 당당한 사무라이로 거듭나는데...