유타주가 재판을 거쳐 연속 살인사건의 용의자 마텔을 사형에 처하기로 결정했다는 소식을 들은 FBI 요원 스티븐(Stephen Broderick: 스콧 글렌 분)의 아들 제시(Jesse Broderick: 제시 카메론-글리켄호스 분)는 마텔이 범인일 수 없다고 아버지에게 강력한 항의를 한다. 스티븐도 공감을 느껴 마텔이 범인이 아님을 증명하려 하지만 관료적인 비협조로 사형집행이 끝난후에야 무죄를 입증한다. 처형이 있던 날, 연속살인 사건이 또 일어난다. 컴퓨터의 천재라는 제시도 범인을 잡아 마텔의 원한을 풀어줘야겠다는 생각으로 아버지를 돕는다. 수사결과, 범인은 기독교의 일파 몰합파의 소행인 것으로 좁혀진다. 범인의 소재를 안 제시는 이를 아버지에게 알리려 하나 잘 되지 않아 어린 몸으로 직접 범인 모데카이(Mordecai Booth: 지토 카잔 분)가 숨어있는 계곡으로 간다. 오래전에 폐광된 우라늄 광산의 갱속에 자리잡은 모데카이의 아지트에는 구약성서 창세기에 나오는 '노아의 방주'가 지어져 있고 지상의 생물은 모두 암수 한쌍씩 실려있었지만 모데카이가 최근 납치한 소녀 크리스티 외에는 모두가 썩어가고 있었다. 제시를 본 모데카이는 하나님이 보낸 크리스티의 짝이라고 기뻐하며 제시를 배에 실어 죽음의 항로에 오른다. 뒤늦게 아들의 행방을 알고 달려온 스티븐은 노아의 방주가 계곡으로 곤두박질 치기직전 아슬아슬하게 아들과 크리스티를 구하는데 성공하는데...