'스티그마타(Stigmata)'는 예수님이 돌아가실 때 입은 상처를 그대로 받은 현상, 즉 성흔을 말한다. 이는 극히 드문 현상으로 옛날부터 믿음이 가득찬 소수의 신자들이 예수가 받은 상처를 받아왔는데, 이러한 징후는 신자들 사이에서는 영광으로 받아들여져 왔다. 어느 날 미용사인 프랭키 페이지(패트리샤 아퀘트)는 어머니가 해외여행에서 선물로 보내준 어느 신부의 묵주를 받은 후 그 징후가 나타나는데, 그녀는 종교가 없는 지극히 평범한 20대 초반의 여자였다. 때와 장소를 가리지 않고 찾아오는 '성흔'의 고통에 그녀는 병원으로 실려가 외과는 물론 정신과 치료를 받지만 그 원인에 대해서는 밝혀지지 않았다. 지하철에서 신부가 이를 비디오로 촬영하여 바티칸으로 보내게 되고, 바티칸은 사실 규명을 위하여 교회의 기적을 찾아다니는 신부이자 과학자인 앤드류 키어난(가브리엘 번)을 파견한다. 앤드류 키어난은 그녀의 스티그마타 현상을 통해 예수가 직접 전한 복음이 있다는 사실을 알게 된다. 그 복음 내용은 현 교회체제를 전면적으로 거부하는 어마어마한 내용이었다. 바티칸은 이 내용을 철저히 은폐시켜 왔던 것이다. 바티칸의 음모를 눈치챈 앤드류는 신이 보여주는 초자연적인 힘에 의해 고통을 받는 그녀를 구해야 한다는 생각이 앞서, 자신이 신부임에도 불구하고 바티칸과 충돌을 감행한다.