월남전 참전 용사인 경찰 항공대 소속 베테랑 조종사 프랭크 머피(Frank Murphy : 로이 샤이더 분)는 미공군이 500만 달러를 투입해 개발한 최신예 헬리콥터 '스페셜', 일명 '블루 썬더'의 시험 비행사로 선발된다. 이 헬기의 기체 외관은 나토가 개발한 2.5cm 두께의 방탄 철갑으로 되어있고, 앞부분에는 6개의 회전 포실에서 분당 4천발이 발사되는 20미리 전자 제어 연발 직사포를 탑제되어 있다. 이 직사포는 조종사의 헬멧이 가르키는 방향과 동일하게 움직인다. 특히 저소음 기능인 정숙 비행 모드로 야간에 접근, 건물 안의 열감지 및 음파 탐지기를 활용하여 도청과 녹음이 자유롭다. 블루 썬더 책임자는 월남전때부터 앙숙이었던 코크란 대령(Colonel F.E. Cochrane : 말콤 맥도웰 분). 코크란은 머피가 시험 비행사로 선정된 것이 못마땅해 그를 제거키 위한 음모를 꾸미지만 실패한다. 머피는 코크란과 그 일행이 블루 선더를 이용한 엄청난 음모를 꾸미고 있다는 것을 알아낸다. 코크란 일행은 그들의 음모가 공개되는 것이 두려워 머피를 죽이려고 필사적으로 덤벼들고, LA 시내의 상공에서 치열한 공중전이 벌어진다. 머피는 F-16 전투기를 격추시키고 숙적 코크란이 또다른 블루 선더로 대항해 오자 격전 끝에 그를 격추시킨다. 동시에 그들의 음모도 세상에 알려진다.