초엘리트학교 Y학원에 숨겨진 비밀을 풀어라! 지금, 새로운 요괴워치가 돌아가기 시작한다! 오직 탑클래스 능력자들만 입학할 수 있는 Y학원. 이곳에 특별한 ‘YSP 선출기준’으로 선발된 지묘한이 들어온다.지묘한과 친구들은 Y학원에서 벌어진 사건 해결 미션을 받게 되고,수수께끼 아이템 ‘YSP워치’로 골치였던 학교 폭력사건을 해결하는데 성공한다.그리고, 그들 앞에 불가사의한 사건들이 연이어 일어나기 시작하는데!YSP워치의 숨겨진 파워와 거대 변신로봇의 정체는?Y학원의 비밀을 둘러싼 요절복통 파란만장 요괴 모험 활극이 시작된다!