높이 635m를 자랑하는 벨트리 타워의 오프닝 행사. 타워 전망대에서 절경을 즐기던 코난 일행의 눈 앞에 어디선가 날아온 총탄이 한 남자의 가슴을 꿰뚫는다! 코난은 총탄이 날아온 곳에 서있는 검은 그림자를 발견하고, 여고생 탐정 양세라와 함께 저격범을 추격하는데... 수류탄과 기관총으로 중무장한 범인을 쫓던 그들은 위기에 처한 순간 나타난 FBI 수사관 조디 일행의 도움으로 가까스로 위험에서 벗어나지만, 범인은 바다에 뛰어들어 자취를 감추고 만다. 뒤이어 연속으로 발생하는 도심 한복판에서의 저격 사건들…… 그리고 수면 위로 떠오르는 충격적인 사건의 진실! 과연 범인의 최후의 목적은 무엇이며 코난은 다시 한번 수수께끼를 파헤쳐 낼 수 있을 것인가?!