캘리포니아 에드워드 공군기지. 미 공군은 레이다에도 잡히지 않고 육안으로도 볼 수 없는 '노바' 일명 블랙 썬더라는 새로운 전투기를 개발해낸다. 그런데 실험 비행도중 래처가 실종되고 조종사 무어는 아파트에서 죽은 채로 발견된다. 블랙 썬더의 레이다 통과 실험 비행이 있는 날, 죽은 조종사 무어 대신 래처가 그의 지문을 도용해 블랙 썬더에 탑승했는데 중동지역 상공에서 감쪽같이 없어진 것이다. 바네스 장군은 이 일을 처리하기 위해 빈스 코너라는 유능한 조종사를 불러들인다. 빈스는 제닉과 한 팀이 되어 블랙버드를 타고 블랙 썬더를 찾아나서는데 정보 분석 결과 블랙 썬더는 리비아의 어느 기지 안에 있다는 것을 알아낸다.