제다이 기사 오비완(이완 맥그리거 분)의 도움으로 권좌를 되찾은 아마딜라 여왕(나탈리 포트만 분)과 젊은 아나킨 스카이워커(헤이든 크리스턴슨 분)와의 사이에서 사랑이 싹튼다. 이제 모든 악의 세력은 사라지고 평화로움이 찾아든 것 같은데, 과연 이 평화는 계속될 것인가. 그리고 스카이워커는 진정한 제다이 기사로 태어날 수 있을 것인가. 수백개의 행성과 강력한 연맹을 포함한 분리주의의 움직임은 은하계의 새로운 위협으로 등장하고 클론 전쟁의 발발과 공화국 멸망의 시작을 초래한다. 어렴풋이 느껴지는 거대한 위협에 대항하기 위해 공화국의 수상인 팬퍼타인은 자신의 권력을 지속적으로 강화하면서 사기가 꺾인 제다이를 돕기 위해 공화국 대군의 창설을 위한 비상권한을 의원들로부터 허가받는다. 이러한 상황에서 여왕직에서 물러나 공화국 의회의 저명한 상원의원이 된 파드메 아미달라는 암살자의 표적이 되고 장성한 아나킨 스카이워커와 오비완은 그녀를 보호하는 임무를 부여 받는다. 아나킨과 파드메는 금지된 사랑에 빠지고, 의무와 명예 그리고 사랑 사이에서 방황한다. 거대한 전쟁 속에서 아나킨과 아마딜라, 그리고 오비완은 자신들 뿐만 아니라 공화국의 운명에 영향을 미칠 중요한 선택의 순간에 직면하게 되는데...