크리스마스를 며칠 앞둔 뉴욕의 백화점에 보통 쥐보다 공격성향이 강한 쥐가 출현하여 한 여성을 무는 사고가 발생한다. 홍보 담당자 수잔은 해충 박멸 전문가 잭에게 도움을 청한다.매장의 벽에서 쥐구멍을 발견한 잭은 쥐의 통로가 지하 터널과 연결되어 있으며 그 근처에서 쥐 떼가 대규모로 서식하고 있음을 알게 된다. 쥐 떼가 도시 전체를 공격할 위기가 다가오는데도 불구하고 주 보건 당국이 수수방관하자 잭과 수잔이 사태를 해결하기 위해 나선다.얼마 후 잭 일행은 근처의 폐쇄된 실험실에서 신종 쥐의 출현에 관한 단서를 포착, 식물의 유전자 변형 실험 과정에서 실험용으로 사용된 쥐가 돌연변이를 일으켰을 것으로 추측한다. 쥐 떼를 박멸하고자 지하 터널로 카메라를 내려 보내 자세한 상황을 파악하던 잭과 동료는 쥐 떼들이 지하철로 향하자 즉각 출동하는데…