밀고 당기는 접전이 계속되고 있는 리틀 야구장에서 한참 게임이 진행되고 있는데 갑자기 거대한 물체가 하늘에서 내려온다. 그건 바로 유령을 태우고 온 우주선. 우리들의 귀여운 꼬마 유령 캐스퍼(제레미 폴리)도 이렇게 해서 인간 세상에 등장하게 된다. 한편 세상을 장악하려는 교활한 야망을 갖고 있는 마법사 데스몬드는 웬디(힐러리 더프)의 힘을 빼앗으려고 밤이나 낮이나 고민중이다. 웬디는 요술봉을 가지고 있는 깜찍하고 사랑스런 작은 마녀. 마녀 이모들과 함께 살고 있는데 친구가 없어 늘 외로워한다. 마녀 이모들이 친구 사귀는 것을 방해하기 때문. 마침내 데스몬드는 부하들을 시켜 웬디를 납치하려고 한다. 그러나 잡히기 일보직전, 웬디는 이모들의 도움을 받아 간신히 써니 브라이트라는 휴양지로 피신을 한다. 그곳은 바로 꼬마유령 캐스퍼와 삼촌 유령들이 모여있는 곳. 그러던 어느 날 웬디와 캐스퍼가 우연히 만나게 된다. 유령과 마녀라는 서로 다른 모습에 놀란 웬디와 캐스퍼! 하지만 그들은 금세 친해지게 되고 마침내 휴양지까지 웬디를 잡으러 온 마법사와 한판 대결을 벌리게 된다. 온갖 마술을 총 동원해 힘을 배로 키운 마법사! 웬디는 다시 한번 마법사에게 잡힐 절대절명의 위기에 처하는데...