결혼하여 루리와 함께 라면 가게를 운영하고 있던 아키토 부부는 신혼여행 중 갑작스런 셔틀 폭발 사고로 사망한다. 그로부터 3년 뒤, 의문의 적이 보손점프 연구기관인 히사고 플랜의 거점을 하나씩 파괴하기 시작한다. 연합군 함장 아오이는 단독 보손점프를 하는 정체불명의 기체를 목격하게 된다. 이 사건을 조사하기 위해 신형 함선 '나데시코 B'가 파견되고, 연합군 최연소 함장 호시로 루리 소령이 나데시코 B의 지휘를 맡게된다. 루리는 마키비 해리, 타카스기 사부로타 등과 함께 나데시코 B를 이끌어 갈 새로운 멤버들을 모으게 되는데...