"최종 기한은 앞으로 12시간. 그 때까지 요구가 받아들여지지 않으면 도쿄를 폐허로 만들어 버릴 미사일을 발사하겠다!" 도쿄만에서 훈련 중이던 이지스함 안에서 전후 일본 최대의 위기가 진행되고 있었다. 이지스(aegis)는 그리스 신화에 등장하는 제우스의 방패 이름으로 현재는 미해군의 함대방어시스템을 가리킨다. 이러한 최강의 방어체계가 무너지고 있는 것이다. 국적 불명의 테러리스트 ‘용하’가 오키나와 미군기지에서 빼앗은 생화학무기 '고슈(GUSOH)'를 갖고 도쿄로 향하고 있다. 그는 함장을 제거하고 지휘권을 장악한 부함장 ‘미야즈’와 결탁하여 위험천만한 테러를 감행하려는 것이다. 일본 정부는 함선에 비밀요원 ‘키사라기’를 심어 두었으나 한 사람의 힘으로 이들을 막을 수 없고 연락이 두절된 상태이다. 이 때, 함대를 장악한 용하와 미야즈, 그 어느 쪽도 속하지 않는 선임상사 ‘센코쿠 하사시’가 오로지 테러를 막기 위해 키사라기를 돕는다. 둘은 적으로 가득한 함선을 누비며 배를 멈추고 또 ‘고슈’를 찾아 나선다. 하지만 두 사람의 존재를 알지 못하는 일본 정부는 함선을 저지하기 위해 미군의 도움을 받아 전투기를 출격시킨다. 전투기가 함선을 폭격하기 전에 미사일을 찾아내야 하는 긴박한 상황이 전개된다.