2654년, 사상최대의 우주전쟁이 펼쳐진다!!!  서기 2654년, 지구의 연합국 기지 페가수스는 악으로 뭉친 에일리언 킬라트에게 공격을 받는다.  갑작스런 침입에 방어할 태세조차 갖추지 못한 연합국 기지 페가수스는 무참히 파괴된다. 설상가상으로 짧은 시간안에 지구로 진입할 수 있는 최첨단 컴퓨터 항해 장치인 나브컴을 강탈 당한다.  필그림의 피를 이어받은 신참 조종사 블레어는 킬라트가 나브컴을 강탈해서 지구를 정복할 것이라는 내용이 담긴 마이크로 디스크를 우주 전사들의 전투 기지인 타이거 크로의 함장 산스키에게 전달하라는 명령을 받는다.  우주의 시간과 공간에 대한 타고난 감각을 가진 블레어는 6개월이 걸리는 공간을 나브콤 없이 3초만에 공간 이동을 하는데 성공한다. 마침내 전투기지 타이거 크로에 도착한 블레어는 함장 산스키에게 마이크로 디스크를 건네고, 타이거 크로의 전투부대 윙 커맨더에 합류하게 된다. 미모의 윙 커맨더 소령 엔젤의 지휘 아래 킬라트와의 전투에 참여한 블레어는 그녀에게 마음을 사로잡히게 된다.  하지만 필그림을 혐오하는 산스키의 부관, 제랄드는 블레어가 가지고 온 마이크로 디스크의 내용을 무시한다. 이때 나브컴을 강탈한 에일리언 킬라트는 지구로 공간이동을 하는 지점을 정확히 알아낸 후 지구 전체를 파괴하려는 치명적인 전쟁을 선포한다. 킬라트는 지구로 향해 이동하는 동시에 전투기지 타이거 크로에 공격을 퍼붓는다. 타이거 크로는 킬라트의 맹렬한 공격을 간신히 막아내지만 전투 능력을 상실하게 되고 이에 지구를 구하기 위한 마지막 작전을 실행하게 되는데...